L'organizzazione dell'Osservatorio, presso la sede dell'Interporto di Verona Quadrante Europa, è data da due ricercatori economisti per le attività di studio e per la gestione delle relazioni con le imprese veronesi del Metadistretto (M. Geremia e S. Caloi). A questi si aggiungono su base occasionale altre figure di collaboratori (stagisti).

La struttura è arricchita da un Comitato Tecnico Scientifico - formato da esponenti dell'imprenditoria, della comunità scientifica, dell'amministrazione pubblica e di enti di promozione economica - con funzioni di indirizzo delle attività dell'Osservatorio.

L'Osservatorio mantiene inoltre una costante comunicazione con la segreteria del Rappresentante di Metadistretto, Gian Michele Gambato, facente capo agli uffici di Magazzini Generali di Padova e Sistemi Territoriali SpA.